Japán hatalmas összegeket költ közúthálózatának fenntartására, korszerűsítésére és bővítésére. Az 1,2 millió km közúton bonyolódik le a belföldi forgalom nagy része. Japánban bal oldali közlekedés van. A legtöbb nagyvárost fizetős autópályák és gyorsforgalmi utak kötik össze, amelyeket az útdíjakat beszedő vállalatok tartanak fenn. Bár a közúti közlekedés fontos szerepet játszik az országban, az átlagos japán polgár utazásainak kevesebb mint a felénél száll autóba.
A vasúti közlekedésben több tucat vállalat versenyez egymással. A legnagyobbak a 7 Japan Railways (JR) társaság, a Kintetsu Corporation, a Seibu Railway és a Keio Corporation. A vasúti vállalatok gyakran foglalkoznak ingatlanokkal is, a legtöbb fontosabb vasútállomásuk mellett bevásárlóközpontokat is üzemeltetnek. A nagyvárosok között húzódik a Sinkanszen nagysebességű vasúthálózat. A japán vonatok a pontosságukról ismertek.
Japánban 173 repülőtér található. A légi közlekedés nagy népszerűségnek örvend. A legnagyobb belföldi repülőtér, a Tokió-Haneda repülőtér, Ázsia legforgalmasabb repülőtere. A legnagyobb nemzetközi légikikötők a Tokió-Narita repülőtér, a Kanszai nemzetközi repülőtér (Ószaka-Kóbe-Kiotó vonzáskörzetében) és a Csúbú Centrair nemzetközi repülőtér (Nagoja mellett). A legnagyobb kikötővárosok Jokohama, Nagoja és Kóbe.